Servizi per la Proteomica
UNISA - Istituto Tumori Pascale - IBBR CNR
Descrizione del tipo di analisi (UNISA - Istituto Tumori Pascale)Caratterizzazione del profilo qualitativo e/qualitativo differenziale del proteoma isolato da campioni biologici, tessuto/cellule/siero/plasma
1. Preparazione dei campioni per analisi proteomica qualitativa mediante spettrometria di massa (LC-MS/MS):
Fasi della preparazione del campione da tessuto/cellule/siero/plasma (circa 30 ore):
a) lisi del campione
b) estrazione proteica
c) derivatizzazione
d) purificazione dei peptidi
e) analisi campioni mediante LC-MS/MS
f) Analisi dati: identificazione delle proteine mediante il software Mascot (Matrix Science vers. 2.8)
2. Analisi proteomica quantitativa differenziale mediante spettrometria di massa (LC-MS/MS), ogni campione deve essere corso in triplicato:
a) Lisi del campione
b) Estrazione proteica
c) Derivatizzazione
d) Purificazione dei peptidi
e) Analisi campioni mediante LC-MS/MS
f) Analisi dati: Analisi dell’espressione differenziale delle proteine mediante il software Progenesis QI for Proteomics v. 4.2
g) Analisi dati: identificazione delle proteine mediante il software Mascot (Matrix Science vers. 2.8)
h) Analisi dati: Analisi bioinformatica di Gene Ontology (GO) enrichment ed analisi dei pathways mediante il tool bioinformatico DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) ed il software g:Profiler (version e94_eg41_p11). Analisi di interatomica delle proteine identificate e differenzialmente espresse mediante il software Ingenuity Pathway Analysis (IPA).
Output atteso
- 350 campioni/anno
Costi
Tempi per l’analisi
- Per la preparazione e la corsa di due campioni in replicato: 48 ore
- Per l’analisi come ai punti 1 f circa 30min
- Per l’analisi come ai punti 2 f-g: 5 ore
- Per l’analisi come al punto 2 h: 4 ore
Descrizione del tipo di analisi (CNR-IBBR)
Purificazione e caratterizzazione di biomarcatori proteici da campioni biologici, tessuto/cellule/siero/plasma, per diagnosi, prognosi e/o predizione di risposta a terapie oncologiche mediante
- analisi cromatografica ad alta risoluzione (HPLC e FPLC) di peptidi e proteine
- dosaggi e cinetiche enzimatiche mediante spettroscopia UV/Vis e fluorimetria
- analisi di espressione genica mediante RT-PCR
1. Preparazione dei campioni
Fasi della preparazione del campione da tessuto/cellule/siero/plasma:
a) lisi del campione
b) estrazione proteica
c) analisi elettroforetica
d) dosaggio quantitativo degli estratti proteici.
2. Purificazione e caratterizzazione di peptidi e proteine mediante cromatografia ad alta risoluzione (HPLC e FPLC):
a) preparazione dei campioni
b) analisi di stabilità in diverse condizioni ambientali
c) test su diverse matrici cromatografiche
d) analisi dati mediante il software dei sistemi HPLC e FPLC
3. Dosaggi e cinetiche enzimatiche mediante spettroscopia UV/Vis e fluorimetria
a) messa a punto dei saggi di attività enzimatica
b) determinazione delle costanti cinetiche degli enzimi
c) determinazione delle costanti termodinamiche degli enzimi
d) analisi dati mediante il software
4. Analisi di espressione genica mediante RT-PCR
a) disegno e validazione di oligonucleotidi
b) estrazione RNA e sintesi di cDNA
c) allestimento campioni e analisi RT-PCR su Bio-Rad CFX96
d) analisi dati mediante il software Bio-Rad CFX Maestro
Output atteso
- 100 campioni/anno
Costi
Tempi per l’analisi
- Per la preparazione e l’analisi di un campione: 15 gg
- Per l’analisi come al punto 2: 10 gg
- Per l’analisi come al punto 3: 2 gg
- Per l’analisi come al punto 4: 3 gg