PM4CARE

Servizi per l'infrastruttura per la Medicina di Precisione in Oncologia

Progetto "PREMIO"

CUP B61C17000080007 - SURF 17063BP000000003
POR Campania FESR 2014-2020 Asse 1 Ricerca e Innovazione O.S. 1.5 Az. 1.5.1.
“Manifestazione di Interesse per la Realizzazione di Progetti di Sviluppo/Potenziamento di Infrastrutture di Ricerca Strategiche Regionali
per la Lotta alle Patologie Oncologiche” della Regione Campania - D.D. DG 50 10 N. 355 DEL 05/06/2017 e SS.MM.I.

Servizi per la Metabolomica e la Lipidomica

UNINA - UNISA - Istituto Tumori Pascale - Istituto Zooprofilattico

Descrizione del tipo di analisi (INT-Pascale - UNINA - UNISA)

Valutazione del profilo metabolomico untargeted mediante Risonanza Magnetica Nucleare (NMR Bruker AVANCETM 600 MHz Spectrometer) ed untargeted o targeted mediante uHPLC accoppiato a HR MS/MS (Thermo Scientific™ Q Exactive™ - Orbitrap™ Mass Spectrometer).

1. Caratterizzazione del profilo metabolomico untargeted in campioni biologici come tessuti, cellule, plasma, siero, urine, saliva e feci mediante NMR
a) Preparazione del campione ed inserimento nel tubo NMR:
i) Nel caso di siero/plasma (10 minuti/campione)
ii) Nel caso di altri campioni biologici (circa 2 ore)
b) Acquisizione spettri NMR (circa 1 ora/campione)
c) Data processing (10 minuti/campione)
d) Bucketing degli spettri (10 minuti)
e) Analisi statistica dei dati per identificare i metaboliti significativi
f) Analisi funzionale dei metaboliti
g) Correlazioni statistiche tra i livelli dei metaboliti identificati ed altre covariate cliniche mediante il tool R

2. Caratterizzazione del profilo metabolomico untargeted in campioni biologici come tessuti, cellule, plasma, siero, urine, saliva e feci mediante uHPLC/HRMS
a) Preparazione del campione (circa 90 minuti)
b) Acquisizione spettri MS considerando modalità di ionizzazione positiva e negativa ed almeno tre repliche strumentali (almeno 90 minuti considerando che ogni acquisizione non dura meno di 15 minuti)
c) Preprocessing dei dati (20 minuti/campione)
d) Analisi statistica dei dati per identificare i metaboliti significativi
e) Analisi funzionale dei metaboliti
f) Correlazioni statistiche tra i livelli dei metaboliti identificati ed altre covariate cliniche mediante il tool R

3. Caratterizzazione del profilo metabolomico targeted in campioni biologici come tessuti, cellule, plasma, siero, urine, saliva e feci mediante uHPLC/HRMS
a) Preparazione del campione (circa 90 minuti)
b) Acquisizione spettri MS considerando modalità di ionizzazione positiva e negativa ed almeno tre repliche strumentali (almeno 90 minuti considerando che ogni acquisizione non dura meno di 15 minuti)
c) Acquisizione retta di calibrazione per un metabolita selezionato: circa 10 ore considerando almeno 3 repliche strumentali, almeno 7 concentrazioni del metabolita e le due modalità di ionizzazione
d) Processing dei dati (30 minuti/campione)
e) Correlazioni statistiche tra i livelli del metabolita selezionato ed altre covariate cliniche mediante il tool R

4. Caratterizzazione del profilo lipidomico untargeted in campioni biologici come tessuti, cellule, plasma, siero, urine, saliva e feci mediante uHPLC/HRMS
a) Preparazione del campione (circa 90 min)
b) Acquisizione spettri MS considerando modalità di ionizzazione positiva e negativa ed almeno tre repliche strumentali (almeno 90 minuti considerando che ogni acquisizione non dura meno di 15 minuti)
c) Preprocessing dei dati (30 minuti/campione)
d) Analisi statistica dei dati per identificare i metaboliti significativi
e) Analisi funzionale dei metaboliti
f) Correlazioni statistiche tra i livelli dei metaboliti identificati ed altre covariate cliniche mediante il tool dedicati

5. Caratterizzazione del profilo lipidomico targeted in campioni biologici come tessuti, cellule, plasma, siero, urine, saliva e feci mediante uHPLC/HRMS
a) Preparazione del campione (circa 90 min)
b) Acquisizione spettri MS considerando modalità di ionizzazione positiva e negativa ed almeno tre repliche strumentali (almeno 90 minuti considerando che ogni acquisizione non dura meno di 15 minuti)
c) Acquisizione retta di calibrazione per un metabolita selezionato: circa 10 ore considerando almeno 3 repliche strumentali, almeno 7 concentrazioni del metabolita e le due modalità di ionizzazione
d) Preprocessing dei dati (30 minuti/campione)
e) Correlazioni statistiche tra i livelli del metabolita selezionato mediante tool dedicati
Output atteso

- 350 campioni/anno

Costi (profilo metabolomico untargeted mediante NMR)



Costi (profilo metabolomico e lipidomico untargeted o targeted mediante uHPLC/HRMS)



*nel caso di profilo metabolomico o lipidomico targeted

Tempi per l’analisi

- Per la preparazione ed acquisizione di due campioni in triplicato mediante NMR: 18 ore nel caso di tessuti, cellule, urine, saliva e feci e 7 ore nel caso di siero e plasma
- Per la preparazione ed acquisizione di due campioni in triplicato mediante uHPLC/HRMS: 18 ore
- Per l’analisi come al punto 1e: 3 ore
- Per l’analisi come ai punti 1e, 1f, 1g: 5 ore
- Per l’analisi come al punto 2d-4d: circa 1 ora/campione
- Per l’analisi come al punto 2e-4e: 1 ora
- Per l’analisi come ai punti 2f-4f, 3e-5e: 2 ore